Фильм «Шёпот за окном» начинается с расследования, которое очень быстро превращается для полицейских в настоящее возвращение старого кошмара. В небольшом городе Гарреттоне детектив Аманда Бек ищет пропавшего мальчика Нила Спенсера. Во время поисков она находит тело другого ребёнка. Его голова закрыта рубашкой, и всё выглядит так, будто убийца специально повторил почерк известного серийного убийцы Фрэнка Картера, которого много лет назад прозвали Шепчущим человеком.
В девяностых годах Фрэнк похищал мальчиков, убивал их, а потом оставлял после себя записи со своим шёпотом. Эти записи предназначались прежде всего для родителей погибших детей. Фрэнк специально мучил семьи, заставляя их снова и снова слышать его голос. В конце концов его поймал полицейский Питер Уиллис. Теперь Питер давно на пенсии и старается держаться подальше от всего, что напоминает ему о прошлом.
Аманда обращается к Питеру за помощью. Она надеется, что он сможет понять, кто подражает Шепчущему человеку. Питер сначала отказывается разговаривать с самим Фрэнком. Дело в том, что Фрэнк по-прежнему находится в тюрьме и соглашается говорить только с Питером. Но вскоре расследование становится ещё страшнее: полицейские находят запись, на которой сам Шепчущий человек разговаривает с пропавшим Нилом. Значит, дело действительно каким-то образом связано с Фрэнком.
Параллельно зрителю показывают писателя Тома Кеннеди. После смерти жены Том переезжает вместе с маленьким сыном Джейком в Гарреттон. Это родной город его погибшей жены, и Том надеется, что смена места поможет им обоим пережить утрату и начать всё заново.
Джейк после смерти матери замкнулся в себе. Он почти не хочет общаться с другими детьми и рассказывает отцу о своей воображаемой подруге. Это маленькая девочка в синем свитере. Том не считает это чем-то страшным. Он даже рассказывает сыну о собственном воображаемом друге из детства. Его звали Мистер Ночь. Том вспоминает, что этот таинственный друг приходил к нему перед сном и целовал его в лоб.
Но вскоре происходят вещи, которые уже невозможно объяснить обычным детским воображением.
Однажды ночью Том замечает Джейка возле входной двери. Мальчик произносит старую считалку, связанную с Шепчущим человеком. В этот момент через отверстие для писем просовывается чья-то рука. Том пугается и подходит к двери, но снаружи никого нет.
На следующий день Том обнаруживает в подвале незнакомого мужчину. Тот явно не должен находиться в доме. Увидев Тома, мужчина убегает. Том начинает понимать, что их новый дом может быть связан с происходящими событиями.
Однако вместо того чтобы спокойно разобраться в ситуации, Том постепенно теряет контроль над собой. Он тяжело переживает смерть жены, почти не справляется с одиночеством и начинает пить. Однажды вечером он напивается, а потом срывается на Джейка. Мальчик пытается объяснить ему, что его воображаемая подруга боится «мальчика в полу». Том раздражается и говорит сыну, что тот должен перестать выдумывать всякие глупости.
Вскоре Джейка похищают. Для Тома это становится настоящим ударом. Он понимает, что не поверил собственному сыну, когда тот пытался предупредить его об опасности. В отчаянии Том обращается за помощью к Питеру Уиллису. Выясняется, что Питер — его отец. Их отношения давно разрушены, и Том много лет почти не общался с ним.
Питер всё же возвращается к расследованию и начинает работать вместе с Амандой. Постепенно они выясняют важную деталь: прежним жильцом дома Тома был Доминик Барнетт. Оказывается, Барнетт когда-то был сообщником Фрэнка Картера.
Когда находят тело Нила, Питер наконец решается встретиться с Фрэнком в тюрьме. Фрэнк отрицает, что имеет отношение к новым убийствам. Но он прекрасно понимает, как больно Питеру снова оказаться рядом с этим делом, и специально его провоцирует. Фрэнк напоминает, что Том стал писателем и пишет детективные романы. По мнению Фрэнка, Том всю жизнь пытался быть похожим на своего отца-полицейского, хотя сам Питер в своё время почти не участвовал в его жизни.
Полиция начинает проверять людей, которые часто навещали Фрэнка в тюрьме. Особое внимание привлекает Норман Коллинз. Он собирает вещи, связанные с серийными убийцами, и явно одержим историей Фрэнка. Однако у Нормана есть подтверждённое алиби, поэтому напрямую обвинить его в похищениях не получается. Тем не менее Питер и Аманда подозревают, что он каким-то образом общается с Фрэнком и может помогать кому-то ещё.
Затем Том получает новую запись. На ней слышен голос Джейка. Мальчик говорит, что ему больно и что отец ему не поверил. Для Тома это особенно страшно, потому что он понимает: в последний раз сын действительно пытался рассказать ему о происходящем, а он отмахнулся от него.
После этого Питер признаётся Тому в правде о прошлом. Он рассказывает, почему практически исчез из жизни сына. Работа в полиции и всё, с чем ему приходилось сталкиваться, довели его до алкоголизма. Но Питер всё-таки приходил к Тому по ночам. Он стоял рядом с его кроватью и целовал сына в лоб. Том наконец понимает, что его детский Мистер Ночь был вовсе не воображаемым другом. Это был его отец.
Тем временем Том замечает Нормана и начинает следить за ним. Он узнаёт в нём того самого человека, которого видел в подвале. Том сообщает об этом Питеру, и они вместе осматривают подвал дома.
Там они находят страшную тайну. В полу спрятаны останки мальчика — пятой жертвы Фрэнка Картера. Именно этого ребёнка в детстве называли «мальчиком в полу». Рядом обнаруживаются останки самого Доминика Барнетта. Постепенно становится понятно, что Норман был связан с Барнеттом и старым преступлением.
Аманда и Питер допрашивают Нормана. Они выясняют, что именно он когда-то познакомил нового убийцу с Фрэнком и помог связать их между собой. Позже Барнетт стал насмехаться над Норманом, и тот убил его. Понимая, что теперь всё раскрылось, Норман предпочитает покончить с собой, лишь бы не попасть в тюрьму.
Но это ещё не конец. Питер вспоминает слова Фрэнка и понимает настоящую картину. Новым убийцей оказывается сын Фрэнка — Фрэнсис Картер-младший. Он пытается повторить преступления своего отца, потому что всю жизнь был одержим его образом. Фрэнк был для него отсутствующим, недоступным отцом, которого он одновременно боялся и хотел заставить собой гордиться.
Аманда отправляется к доктору Шарматцу, который в детстве занимался Фрэнсисом-младшим. Она подозревает, что убийца может скрываться именно там. В доме она находит разлагающееся тело доктора. Значит, Фрэнсис уже добрался до человека, который слишком много о нём знал.
Джейк в это время всё ещё находится у преступника. Его воображаемая подруга помогает мальчику. Она подсказывает ему кричать, чтобы Аманда могла его услышать. Аманда почти успевает добраться до него, но Фрэнсис нападает на неё, ранит ножом, хватает Джейка и убегает.
Питер тем временем окончательно понимает смысл старого почерка Фрэнка. Закрывая лица своих жертв, Фрэнк словно представлял на их месте собственного сына. Теперь Питер использует эту связь, чтобы заставить Фрэнка помочь им. Он предлагает привести Фрэнсиса к нему, если тот расскажет, что задумал его сын.
Так Питер узнаёт, что Фрэнсис собирается убить Джейка в подвале дома Тома.
Том и Питер спешат туда. Им удаётся столкнуться с Фрэнсисом и освободить Джейка, но Питер получает смертельное ранение ножом. Перед смертью он наконец мирится с Томом. Отец и сын успевают сказать друг другу то, чего не могли сказать много лет. Том понимает, что Питер действительно любил его, несмотря на все свои ошибки.
Фрэнсис снова бросается за Джейком. Мальчик убегает на чердак. Во время погони Фрэнсис проваливается через повреждённую часть пола и получает тяжёлые травмы. Он остаётся обездвиженным, а Джейк наконец оказывается в безопасности.
Через некоторое время Аманда получает письмо от Фрэнка. Он благодарит её и Питера за то, что они сделали. Это звучит особенно жутко, потому что Фрэнк явно воспринимает произошедшее как часть собственной игры.
Но у истории есть ещё один мрачный поворот.
В тюрьме Фрэнка приводят в камеру к его сыну Фрэнсису-младшему. Пока тот ещё жив, Фрэнк набрасывается на него и душит его. Таким образом, сам Шепчущий человек убивает собственного сына.
В финале история Тома и Джейка постепенно начинает меняться. Джейк больше не хочет оставаться один. Он сам просит разрешить ему играть с другими детьми. После всего пережитого он наконец делает первый шаг к нормальной жизни и начинает понемногу освобождаться от страха.
Том тоже старается жить дальше. Однажды он рассматривает старые фотографии своей погибшей жены и замечает снимок, который связывает прошлое с тем, что происходило с Джейком. На фотографии его жена ещё совсем маленькая, и на ней тот самый синий свитер. Именно такой была воображаемая подруга Джейка.
Фильм оставляет это открытие без прямого объяснения. Возможно, девочка действительно была призраком матери Джейка, которая пыталась защитить сына. А возможно, это просто необычный способ показать детскую связь с погибшей матерью и то, как память о ней помогла мальчику пережить ужас.
В итоге «Шёпот за окном» оказывается не только историей о серийном убийце. Это ещё и история о двух поколениях отцов и сыновей. Фрэнк не смог быть нормальным отцом и превратил собственного сына в человека, одержимого насилием. Питер тоже был плохим отцом, но в конце сумел признать свои ошибки и защитить Тома и Джейка. А Том получает возможность разорвать этот круг и стать для своего сына тем отцом, которого когда-то не было у него самого.
