История начинается в 1936 году. Главный герой — Индиана Джонс, или просто Инди, — это такой крутой археолог и искатель приключений. Он не просто копается в пыльных книгах, а лазает по джунглям, убегает от ловушек и дерется с плохими парнями. В самом начале мы видим его в Южной Америке, где он пытается вытащить золотого идола из древнего храма. Там всё как в лучших традициях: ловушки, огромный катящийся валун, предательство напарника — в общем, Инди еле выбирается живым, но идола теряет. Уже тут понятно, что парень не из робких.
Потом действие переносится в США. Инди преподаёт в университете, носит очки и пиджак, но это только прикрытие. К нему приходят ребята из американской разведки и рассказывают, что нацисты что-то активно ищут. А ищут они, оказывается, Ковчег Завета — такую древнюю штуку из Библии, где, по легенде, хранятся скрижали с десятью заповедями. Говорят, что тот, кто завладеет Ковчегом, станет непобедимым. Нацисты уже нашли место, где копать, — город Танис в Египте, и даже наняли какого-то французского археолога Рене Беллока, чтобы он им помог. Беллок — старый знакомый Инди, хитрый и опасный тип, с которым у нашего героя давние счёты.
Разведка просит Инди отправиться на поиски Ковчега, чтобы нацисты не добрались до него первыми. Инди соглашается, потому что он не только за науку, но и против фашистов. Первым делом он летит в Непал, чтобы найти свою старую знакомую Мэрион Рэйвенвуд. Она дочка его бывшего наставника, профессора Абнера Рэйвенвуда, который всю жизнь изучал Ковчег. У Абнера был медальон — ключ к тому, где именно спрятан Ковчег. Инди думает, что медальон теперь у Мэрион.
В Непале он заходит в бар, где Мэрион работает. Она, кстати, не в восторге его видеть — у них в прошлом был роман, который плохо кончился, и она до сих пор на него злится. Но тут в бар вваливаются нацистские агенты с каким-то жутким типом по имени Тодт. Они тоже охотятся за медальоном. Начинается заварушка: стрельба, драка, бар загорается. В итоге Инди с Мэрион убегают, прихватив медальон, но теперь они вдвоём втянуты в это дело.
Дальше они летят в Каир, Египет. Там Инди встречает своего друга Саллаха — местного жителя, который знает город как свои пять пальцев. Саллах рассказывает, что нацисты уже вовсю копают в Танисе, и Беллок с ними заодно. Инди и Мэрион решают выяснить, что к чему. Медальон оказывается не просто побрякушкой: на нём выгравированы инструкции, как найти «Колодец душ» — тайное место, где спрятан Ковчег. Инди с помощью медальона и хитрого трюка с солнечным светом вычисляет точное место. Пока он этим занят, Мэрион попадает в беду: её похищают нацисты, и Инди думает, что она погибла в взорвавшемся грузовике. Он даже напивается с горя, но потом выясняется, что она жива — её держат в плену.
Инди с Саллахом пробираются на раскопки. Ночью они находят этот самый «Колодец душ», спускаются туда и — вот оно! — видят Ковчег. Это такой красивый золотой сундук с ангелами сверху. Но тут, конечно, всё не так просто. Пока они его вытаскивают, сверху появляются Беллок и нацисты. Они забирают Ковчег, а Инди и Мэрион (которую тоже притащили туда) запирают в колодце. Внутри полно змей — а Инди их терпеть не может, это его слабое место. Но он не сдаётся: они с Мэрион находят выход, выбираются и решают не дать нацистам уйти с Ковчегом.
Начинается настоящая гонка. Инди устраивает эпичную драку на грузовике, где нацисты везут Ковчег. Он прыгает с лошади на машину, дерётся с солдатами и в итоге он отбирает грузовик и сбегает с Ковчегом. Потом они с Мэрион и Саллахом грузят сундук на корабль, чтобы увезти его подальше от нацистов. Но и тут Беллок их находит: нацисты перехватывают корабль, снова забирают Ковчег, а Инди с Мэрион берут в плен.
Финал разворачивается на каком-то острове в Средиземном море. Нацисты решают открыть Ковчег, чтобы проверить его силу, а Беллок, как археолог, хочет это увидеть своими глазами. Инди и Мэрион связаны, и он шепчет ей, чтобы она закрыла глаза, потому что он чует неладное. И правильно делает! Когда Ковчег открывают, сначала ничего не происходит, но потом из него вырываются какие-то жуткие духи или ангелы — не разберёшь. Они сначала кажутся красивыми, но потом превращаются в кошмар: всех нацистов и Беллока буквально испепеляет какая-то сверхъестественная сила. Инди и Мэрион выживают, потому что не смотрели.
В конце концов, они возвращаются в США с Ковчегом. Но американское правительство решает, что такая штука слишком опасна, и забирает её себе. Ковчег прячут в огромном секретном складе среди тысяч одинаковых ящиков, чтобы никто его больше не нашёл. Инди и Мэрион остаются вместе, немного ворчат на бюрократов, но в целом рады, что всё закончилось.
