Действие начинается в Японии начала семнадцатого века. Воин и глава клана ниндзя Ханзо Хасаси живёт спокойной жизнью вместе с женой и детьми. Однажды он уходит к реке за водой и не подозревает, что в это время на его дом нападают враги. На клан Ханзо выходит другой клан убийц во главе с жестоким воином Би-Ханом, который умеет управлять холодом и льдом.
Когда Ханзо возвращается домой, он видит страшную картину. Его товарищи убиты, дом разрушен, а жена и сын заморожены насмерть. В ярости он бросается на врагов и начинает жестокую драку. Ханзо побеждает многих нападавших, но потом сталкивается с самим Би-Ханом. Между ними происходит тяжёлый бой. Оба очень сильны, но Би-Хан оказывается хитрее и смертельно ранит Ханзо. Перед смертью Ханзо пытается добраться до своей маленькой дочери, которую успел спрятать под полом дома. Он просит врага запомнить его лицо и умирает. Его душа уходит в мрачный подземный мир.
Через некоторое время появляется бог грома Райден. Он находит спрятанную дочь Ханзо и забирает её в безопасное место. Так сохраняется род Хасаси.
Дальше действие переносится в наше время. Уже много веков существует особый турнир под названием «Смертельная битва». В нём сражаются бойцы из разных миров. Мир людей проиграл уже девять турниров подряд. Если проиграет ещё один, то внешний мир захватит Землю. Существует древнее предсказание, что кровь рода Хасаси поможет собрать новых защитников Земли и остановить врагов.
Главный герой фильма — боец смешанных единоборств Коул Янг. Он когда-то был хорошим бойцом, но теперь проигрывает почти все бои и еле зарабатывает деньги. У него есть жена и маленькая дочь, которых он очень любит. На теле Коула есть странная метка в виде дракона. Он думает, что это просто родимое пятно, но на самом деле метка означает, что человек выбран для участия в будущей «Смертельной битве».
В это же время колдун Шан Цзун из внешнего мира решает уничтожить всех земных бойцов ещё до начала турнира. Он посылает своих воинов убивать людей с меткой дракона. Одним из убийц становится Би-Хан, который теперь носит имя Саб-Зиро.
Саб-Зиро находит Коула и нападает на него прямо у дома. Лёд покрывает всё вокруг, а сам убийца почти неуязвим. Коул не понимает, что происходит, и пытается спасти семью. В этот момент появляется майор Джакс, который давно изучает тайну турнира. Он помогает Коулу и его семье сбежать, а сам остаётся драться с Саб-Зиро. Перед уходом Джакс говорит Коулу найти женщину по имени Соня Блейд.
Джакс вступает в бой с ледяным убийцей, но силы оказываются неравными. Саб-Зиро замораживает ему руки и буквально разбивает их. Джакс остаётся жив, но получает тяжёлые ранения.
Коул приезжает в убежище Сони. Она бывшая военная и давно расследует загадочные события, связанные с турниром. Вместе с ней находится наёмник Кано — грубый, наглый и постоянно шутящий человек. У него тоже есть метка дракона. Соня удерживает его у себя, потому что хочет получить сведения о турнире.
Пока они разговаривают, на убежище нападает ещё один убийца из внешнего мира — человек-ящер по имени Сайзот. Он умеет становиться невидимым и очень быстро двигается. Начинается драка. Коул, Соня и Кано с трудом отбиваются, а в конце Кано убивает врага.
После этого троица отправляется в храм Райдена — безопасное место, где собираются защитники Земли. Там они знакомятся с Лю Каном и Кун Лао. Оба прекрасно владеют боевыми искусствами и уже давно готовятся к турниру. Сам Райден встречает новых гостей холодно. Он считает, что Коул и Кано слишком слабы и не готовы к битве.
В храме находится и Джакс. Райден спас его после боя с Саб-Зиро. Теперь вместо рук у него металлические протезы.
Лю Кан и Кун Лао начинают тренировать новичков. Они объясняют, что каждый носитель метки дракона может пробудить свою особую силу. Эта сила называется внутренним даром. У каждого человека он свой.
Кано сначала ведёт себя как шут и постоянно всех раздражает. Но во время одной из ссор его сила неожиданно пробуждается. Из глаза Кано начинает бить мощный луч. Он приходит в полный восторг и начинает хвастаться новым умением.
А вот у Коула ничего не получается. Он старается, тренируется, терпит удары, но его сила не появляется. Райден разочарован и говорит, что Коул не готов к великой битве. Тогда он раскрывает тайну: Коул является потомком Ханзо Хасаси. Именно его кровь связана с древним предсказанием.
Райден отправляет Коула обратно к семье, считая, что пользы от него пока нет.
Тем временем Шан Цзун собирает остальных бойцов внешнего мира. Среди них находится Кабал — старый знакомый Кано. Он убеждает Кано предать земных защитников. Кабал обещает ему богатство и свободу.
Вскоре враги начинают нападение на храм. Кано отключает защиту Райдена и помогает убийцам проникнуть внутрь. Начинается большое сражение.
Во время боя Джакс наконец раскрывает свой внутренний дар. Его металлические руки становятся гораздо сильнее и мощнее. Теперь он способен буквально крушить врагов голыми руками.
Одновременно с этим на дом Коула нападает огромное чудовище Горо. Это четырёхрукий великан, который раньше побеждал многих бойцов турнира. Коул пытается защитить семью, но чудовище почти невозможно остановить. Во время драки Коул наконец пробуждает свою силу. На его теле появляется особая броня, способная поглощать удары противника. Кроме того, он получает оружие — короткие дубинки с лезвиями.
С новыми силами Коул побеждает Горо и убивает его. После этого он возвращается в храм, чтобы помочь остальным.
Тем временем ситуация становится всё хуже. Саб-Зиро пытается убить Коула, но Кун Лао спасает его. Однако вскоре Шан Цзун убивает самого Кун Лао и забирает его душу. Это становится тяжёлым ударом для всех защитников Земли.
Понимая, что времени почти не осталось, Коул предлагает новый план. Вместо того чтобы ждать турнира, они сами начнут охоту на бойцов внешнего мира и будут побеждать их поодиночке. Райден соглашается.
Перед отправкой он даёт Коулу старый кинжал Ханзо Хасаси. На оружии всё ещё сохранилась кровь древнего воина.
После этого Райден переносит земных бойцов в разные места, чтобы каждый сразился со своим противником.
Лю Кан побеждает одного из врагов с помощью огня. Джакс расправляется с другим противником благодаря своей огромной силе. Соня сражается с Кано после его предательства. Бой выходит тяжёлым, но Соня всё-таки убивает наёмника. После этого метка дракона переходит к ней, и она получает собственную силу — способность стрелять энергетическими зарядами из рук.
Главная битва происходит между Коулом и Саб-Зиро. Ледяной убийца похищает семью Коула, чтобы заставить его драться один на один. Во время боя Саб-Зиро почти побеждает героя. Он слишком силён и опытен.
Тогда Коул использует кинжал Ханзо. Кровь на оружии пробуждает дух древнего воина. Из подземного мира возвращается сам Ханзо, ставший мстительным призраком Скорпионом.
Скорпион узнаёт в Коуле своего потомка и решает помочь ему. Вместе они начинают сражаться против Саб-Зиро. Битва получается очень зрелищной и жестокой. Саб-Зиро использует лёд, а Скорпион отвечает огнём и своими цепями.
В конце концов Скорпион и Коул побеждают врага. Скорпион сжигает Саб-Зиро адским пламенем, и тот погибает.
После победы Скорпион благодарит Коула за освобождение и просит его беречь род Хасаси. Затем он исчезает.
На место битвы прибывают Райден, остальные защитники Земли и Шан Цзун. Колдун злится из-за поражения своих воинов и обещает вернуться с целой армией. Райден выгоняет его и говорит, что теперь защитники Земли будут готовиться к следующему турниру ещё серьёзнее.
После этого герои начинают искать новых бойцов. Коул отправляется в Лос-Анджелес, чтобы найти знаменитого актёра и мастера боевых искусств Джонни Кейджа, который должен стать одним из будущих защитников Земли.
На этом история заканчивается, оставляя намёк на продолжение.
