Фильм «Стартрек: Возмездие» продолжает историю команды корабля «Энтерпрайз» и начинается с довольно напряжённой и спорной ситуации.
Действие происходит в 2259 году. Капитан Джеймс Кирк вместе со своей командой выполняет задание на далёкой планете Нибиру. Там живёт примитивное племя, и по правилам Федерации вмешиваться в их развитие нельзя. Это называется главным правилом — не раскрывать своё существование менее развитым цивилизациям.
Но ситуация выходит из-под контроля. На планете начинается мощное извержение вулкана, которое может уничтожить всё живое. Спок оказывается прямо в эпицентре и рискует погибнуть, пытаясь остановить катастрофу. Кирк принимает решение нарушить правило: он поднимает корабль из воды так, что его видят местные жители, и спасает Спока. Вулкан удаётся стабилизировать, но секрет раскрыт.
За это Кирка лишают должности капитана. Его разжалуют до первого помощника. Командование «Энтерпрайзом» снова получает адмирал Пайк. Спока переводят на другой корабль. Команда фактически распадается.
Тем временем на Земле происходит теракт. Офицер по имени Томас Хэрвуд, действуя по приказу загадочного человека по имени Джон Харрисон, взрывает секретный объект в Лондоне. Это вызывает тревогу во всём Звёздном флоте.
Собирается экстренное совещание командования. На нём присутствуют высшие офицеры, включая Пайка и Кирка. Внезапно Харрисон атакует прямо с воздуха на небольшом корабле. Он открывает огонь по зданию и убивает многих офицеров, в том числе Пайка. После этого он исчезает, телепортировавшись на планету Кронос — родной мир клингонов, опасной воинственной расы.
После гибели Пайка Кирк снова получает командование «Энтерпрайзом». Адмирал Маркус даёт ему задание: найти Харрисона и уничтожить его. Причём сделать это предлагается с помощью новых дальнобойных торпед, которые можно запускать, даже не входя в атмосферу планеты.
Главный инженер Скотти возражает. Его настораживает, что никто не знает, что внутри этих торпед. Он считает это опасным. Но его не слушают, и он уходит с корабля. На его место временно ставят Чехова.
По пути к Кроносу у «Энтерпрайза» ломается варп-двигатель, и они не могут нормально двигаться на высокой скорости. Кирк принимает неожиданное решение: не уничтожать Харрисона, а попытаться его арестовать.
Кирк, Спок и Ухура отправляются на поверхность Кроноса. Там на них нападают клингоны. Ситуация кажется безнадёжной, но внезапно появляется сам Харрисон. Он в одиночку уничтожает отряд клингонов, показывая невероятную силу и боевые навыки.
Однако затем происходит неожиданное: Харрисон сдаётся. Он объясняет, что знает, сколько торпед на борту «Энтерпрайза» — ровно семьдесят две. Это настораживает Кирка.
Харрисона доставляют на корабль и помещают в камеру. Он начинает раскрывать правду. Его настоящее имя — Хан. Он — генетически улучшенный человек, созданный в далёком прошлом. Его разум и физические способности намного превосходят обычных людей.
Хан рассказывает, что адмирал Маркус разбудил его после долгого сна и заставил работать на себя. Под угрозой уничтожения его команды — других таких же людей — Хан создавал новое оружие. Он спрятал своих товарищей внутри тех самых торпед, надеясь потом освободить их.
Также Хан утверждает, что Маркус специально саботировал двигатель «Энтерпрайза». Его план — спровоцировать войну с клингонами. Если бы Кирк выполнил приказ и атаковал Кронос, клингоны ответили бы, и началась бы большая война.
Хан даёт Кирку координаты секретной базы. Кирк связывается со Скотти и просит проверить их. Скотти выясняет, что там находится скрытый объект Звёздного флота.
В этот момент появляется огромный боевой корабль «Возмездие», которым командует сам Маркус. Это мощнейший военный корабль, намного сильнее «Энтерпрайза». Маркус требует выдать Хана.
Кирк отказывается и решает лететь на Землю, чтобы разоблачить Маркуса. Но «Возмездие» атакует их возле Луны и выводит «Энтерпрайз» из строя.
В этот момент раскрывается ещё один секрет: на борту находится дочь Маркуса — Кэрол. Она пытается остановить отца. Маркус забирает её к себе на корабль и приказывает уничтожить «Энтерпрайз».
Тем временем Скотти пробирается на «Возмездие» и выводит его системы из строя. Это даёт шанс.
Кирк решает рискнуть: он вместе с Ханом прыгает в открытый космос и проникает на корабль Маркуса. Хан отлично знает конструкцию корабля, потому что сам помогал его создавать.
На «Энтерпрайзе» Спок связывается со старшим Споком, который живёт на новой планете вулканцев. Тот предупреждает: Хану нельзя доверять. Он крайне опасен.
На борту «Возмездия» Кирк и Хан добираются до мостика. Там происходит схватка. Хан в итоге берёт верх, убивает Маркуса и захватывает корабль.
Теперь он диктует условия: вернуть ему его команду в обмен на жизни людей с «Энтерпрайза».
Спок соглашается, но действует хитро. Перед передачей он тайно извлекает людей Хана из торпед. Когда Хан начинает стрелять по «Энтерпрайзу», Спок подрывает торпеды, повреждая «Возмездие».
Оба корабля теряют управление и начинают падать на Землю.
На «Энтерпрайзе» ситуация критическая. Чтобы спасти корабль, нужно вручную восстановить работу реактора. Кирк понимает, что это смертельно опасно из-за радиации. Но он всё равно идёт внутрь и чинит систему. Корабль спасён, но Кирк получает смертельную дозу облучения.
Тем временем Хан направляет «Возмездие» прямо на Землю и врезается в город Сан-Франциско, разрушая всё вокруг.
Спок, охваченный гневом, преследует Хана. Он больше не сдерживает эмоции. Начинается жестокая драка прямо среди разрушенного города.
Спок почти убивает Хана, но в последний момент Ухура останавливает его. Она напоминает, что Хан — единственный шанс спасти Кирка.
Доктор Маккой тем временем обнаруживает, что кровь Хана обладает способностью восстанавливать ткани. Они используют её, чтобы вернуть Кирка к жизни.
Хана снова помещают в криогенный сон вместе с его командой, чтобы он больше не представлял угрозы.
Проходит год. Команда снова собирается. Кирк выступает с речью, в которой говорит о жертвах, дружбе и ответственности.
«Энтерпрайз» отправляется в новое пятилетнее путешествие — исследовать космос, как и было задумано с самого начала.
