После грандиозной битвы в Нью-Йорке город оказался завален обломками. Повсюду лежали части инопланетных кораблей, странные устройства и остатки оружия. Один из тех, кто должен был заниматься уборкой, был предприниматель Эдриан Тумс. Он честно выиграл договор на очистку города и уже собрал людей и технику. Но неожиданно все изменилось. Правительство вместе с Тони Старком создало специальную службу, которая забрала всю работу себе. Людям Тумса просто приказали уйти.
Эдриан был вне себя от злости. Он потерял большие деньги и оказался на грани разорения. Но перед уходом его люди успели собрать несколько частей инопланетной техники. Вместо того чтобы сдать их, Тумс решил оставить находки себе. Вместе со своими помощниками он начал изучать необычные устройства и переделывать их в мощное оружие. Постепенно они наладили подпольную торговлю. Сам Тумс создал для себя летающий костюм с огромными металлическими крыльями. Благодаря ему он получил прозвище Стервятник.
Проходит несколько лет.
Питер Паркер возвращается к обычной школьной жизни после событий, когда он помог Мстителям в Германии. Он по-прежнему учится в школе, живет с тетей Мэй и старается быть самым обычным подростком. Но в свободное время он надевает костюм Человека-паука и патрулирует улицы Нью-Йорка.
Питер очень хочет стать настоящим Мстителем. Он постоянно ждет звонка от Тони Старка и надеется получить серьезное задание. Но вместо этого ему приходится ловить мелких преступников, помогать прохожим и искать потерявшиеся вещи. Иногда ему кажется, что его способности просто пропадают зря.
Его лучший друг Нед ничего не знает о двойной жизни Питера. Но однажды вечером Нед случайно заходит в комнату и видит, как Питер залезает через окно в костюме Человека-паука. Для Неда это становится настоящим потрясением. Он не может поверить своим глазам. С этого момента он становится единственным человеком среди друзей, который знает главный секрет Питера.
Вскоре Питер замечает подозрительную сделку. Несколько преступников продают необычное оружие, которое явно сделано из инопланетных деталей. Он пытается вмешаться и остановить их. Во время драки появляется человек с огромными механическими крыльями. Это Стервятник.
Питер впервые сталкивается с настолько опасным противником. Стервятник легко побеждает его, поднимает высоко в воздух и бросает прямо в озеро. Человек-паук начинает тонуть. Он уже почти теряет сознание, когда неожиданно появляется Железный человек. Тони Старк спасает Питера и строго говорит ему больше не вмешиваться в дела этих преступников. Он считает, что подросток еще слишком неопытен для такой опасной работы.
Тем временем в банде Тумса происходит неприятность. Один из помощников случайно начинает спорить с начальником. Разозлившийся Тумс хватает новое оружие, чтобы просто напугать его, но не понимает, насколько оно опасно. Луч мгновенно превращает человека в пепел. Все вокруг в ужасе. Тумс понимает, что совершил страшную ошибку, но уже ничего нельзя изменить. После этого новым помощником становится другой участник банды.
Во время первой встречи преступников Питер успел подобрать одно из странных устройств. Вместе с Недом они начинают внимательно его изучать. Внутри оказывается мощный источник энергии. Кроме того, ребята понимают, что в костюме Человека-паука скрыто множество возможностей, которые раньше были заблокированы.
Нед помогает отключить ограничения, установленные Тони Старком. Теперь костюм получает множество новых функций. Он умеет анализировать обстановку, подсказывать владельцу разные решения, запускать десятки видов паутины и выполнять сложные команды. Питер приходит в полный восторг и чувствует себя намного увереннее.
След преступников приводит в другой город, куда школьная команда отправляется на соревнования. Питер едет вместе со всеми, хотя его мысли заняты совсем не учебой.
Когда он узнает, что бандиты собираются ограбить грузовик с ценным оборудованием, он бросает команду и отправляется их останавливать. В итоге преступникам удается скрыться, а сам Питер оказывается заперт внутри машины и не успевает на соревнования.
Позже становится известно, что найденный источник энергии крайне нестабилен. Он начинает быстро перегреваться и может взорваться в любой момент.
В это время друзья Питера находятся на смотровой площадке высокого памятника. Опасное устройство неожиданно срабатывает. Происходит мощный взрыв. Лифт с учениками застревает высоко над землей и начинает разрушаться.
Питер мгновенно бросается на помощь. Он карабкается по стенам памятника, разбивает окна и успевает удержать падающий лифт при помощи своей паутины. Несмотря на огромный риск, ему удается спасти всех школьников. Особенно благодарна ему Лиз, которая давно нравится Питеру, хотя она даже не подозревает, кто скрывается под маской.
После этого преступники продолжают искать покупателей для своего оружия. Одним из них становится опасный бандит по имени Мак Гарган.
Встреча происходит на пароме. Питер снова пытается помешать сделке. Начинается драка. Один из мощных зарядов выходит из-под контроля и буквально разрезает огромный паром на две части. Судно начинает быстро расходиться в разные стороны.
Человек-паук делает все возможное. Он выпускает огромное количество паутины и старается удержать половины парома вместе. Но его сил явно недостаточно.
В самый последний момент появляется Железный человек. Вместе со своими летающими устройствами он спасает людей и соединяет разломанный паром. Никто не погибает, но Тони Старк очень недоволен поступками Питера.
Он говорит, что настоящий герой обязан думать о безопасности окружающих, а не бросаться в бой без плана. Затем Старк забирает у Питера современный костюм, который когда-то сам ему подарил. Теперь Питер остается только со своим старым самодельным костюмом.
Для подростка это становится тяжелым ударом. Он чувствует себя обычным школьником без всякой надежды стать Мстителем.
Питер решает хотя бы ненадолго забыть обо всех неприятностях. Он приглашает Лиз на школьный осенний бал, и девушка соглашается.
Наступает вечер праздника. Питер приходит за Лиз к ней домой. Дверь открывает ее отец. В этот момент Питер буквально замирает. Перед ним стоит Эдриан Тумс — тот самый Стервятник.
Во время поездки на машине Тумс внимательно наблюдает за подростком. Постепенно он складывает все факты вместе и понимает, что именно Питер скрывается под маской Человека-паука.
Когда Лиз выходит из машины, Тумс остается с Питером наедине. Он спокойно, но очень жестко предупреждает его. Если Питер снова вмешается в его дела, пострадают не только он сам, но и его близкие.
Несмотря на угрозу, Питер не собирается сдаваться. Он понимает, что Стервятник готовится к самому крупному ограблению. Преступники хотят перехватить самолет, который перевозит оборудование и оружие Мстителей из старой башни Старка в новую базу.
Питер покидает школьный бал и снова надевает свой старый костюм. По дороге его поджидает один из помощников Тумса. Благодаря помощи Неда Питер побеждает противника и продолжает преследование.
Затем он сталкивается со Стервятником. Во время боя Тумс сбрасывает на него тяжелые обломки здания. Питер оказывается полностью завален камнями.
Сначала он почти сдается. Ему страшно, больно и кажется, что выбраться невозможно. Но, увидев свое отражение в луже, он понимает, что никто не придет ему на помощь. Он должен справиться сам. Собрав все силы, Питер освобождается из-под завала.
Он успевает догнать самолет. Во время погони начинается очередная схватка. Из-за повреждений самолет теряет управление и падает на берег возле парка развлечений.
Последний бой проходит среди песка и разбросанных обломков. Костюм Стервятника получает серьезные повреждения. Источник энергии начинает перегреваться и вот-вот взорвется.
Питер легко мог бы оставить своего врага погибать. Но он поступает иначе. Несмотря на все преступления Тумса, Человек-паук вытаскивает его из горящего костюма и спасает ему жизнь.
После этого прибывает полиция и арестовывает Стервятника.
Лиз вместе с матерью уезжает из города. Для Питера это становится тяжелым расставанием.
Спустя некоторое время Тони Старк снова встречается с Питером. Он возвращает ему современный костюм и предлагает официально присоединиться к Мстителям. Более того, Старк уже подготовил торжественную церемонию для журналистов.
Но Питер неожиданно отказывается. Он понимает, что пока еще не готов к такой жизни. Ему гораздо важнее оставаться простым защитником своего района и помогать обычным людям. Тони уважает его решение.
Вернувшись домой, Питер открывает коробку с новым костюмом и примеряет его. В этот самый момент в комнату неожиданно входит тетя Мэй. Увидев племянника в полном костюме Человека-паука, она наконец узнает его тайну и от неожиданности не может подобрать слов.
После титров показано, что Мак Гарган встречается с Тумсом в тюрьме. Он говорит, что слышал, будто Тумс знает настоящее имя Человека-паука. Но Тумс ничего не рассказывает. Несмотря на все произошедшее, он сохраняет секрет Питера и не выдает его своим сообщникам.
