Фильм «Бэтмен: Начало» — это начало истории про Бэтмена, как он вообще стал тем, кого мы знаем.
Главный герой — Брюс Уэйн, богатый парень из Готэма. В детстве у него случилась трагедия: прямо на его глазах грабитель застрелил его родителей, Томаса и Марту Уэйнов, после того как они вышли из театра. Маленький Брюс остался один, и эта травма засела в нём надолго. Он винит себя, думает, что если бы он не испугался летучих мышей в спектакле и не попросил уйти пораньше, родители были бы живы. Короче, тяжёлое детство.
Проходит время, Брюс растёт, и в какой-то момент решает, что пора мстить. Ему уже лет 20 с лишним, он возвращается в Готэм после учёбы в университете. Убийцу родителей, Джо Чилла, собираются выпустить из тюрьмы за то, что он сдал каких-то бандитов. Брюс хочет его прикончить и даже приходит к суду с пистолетом, но его опережают — Чилла убивает какая-то тётка из мафии. Брюс в шоке, понимает, что его месть сорвалась, и после этого ссорится со своей подругой детства, Рэйчел Доуз. Она теперь помощник прокурора и говорит ему, что месть — это не выход, а Готэму нужен не просто убийца, а что-то большее.
Брюс психует и уходит в закат — в прямом смысле. Он бросает всё, уезжает из Готэма и начинает скитаться по миру. Живёт как бродяга, воруя еду, ввязываясь в драки, чтобы понять, как думают преступники. В итоге его ловят где-то в Азии и сажают в тюрьму. Там он встречает странного мужика по имени Анри Дюкар. Этот Дюкар видит в Брюсе потенциал и предлагает ему вступить в Лигу Теней — секретную организацию ниндзя, которые борются с несправедливостью, но своими жёсткими методами. Брюс соглашается, и его забирают в горы на тренировки.
Там он учится драться, быть незаметным, терпеть боль и контролировать страх. Дюкар становится его наставником, учит, что страх — это оружие, и Брюс вспоминает свои детские кошмары с летучими мышами. В итоге он проходит все испытания, но на финальном тесте Лига требует, чтобы он казнил какого-то преступника. Брюс отказывается — он хочет бороться с преступностью, но не убивать всех подряд. Тут выясняется, что Лига Теней, во главе с Ра’с аль Гулом (а Дюкар — это и есть Ра’с, сюрприз!), планирует уничтожить Готэм, потому что город, по их мнению, прогнил от коррупции. Брюс говорит: «Нет, я так не играю», поджигает их базу и сбегает, спасая Дюкара, хотя тот вроде как враг.
Брюс возвращается в Готэм, который действительно в упадке: мафия рулит, полиция продажная, а люди боятся. Он решает стать символом, который вдохновит город. Вспоминая свои страхи, он выбирает образ летучей мыши — чтобы преступники сами боялись его. С помощью своего дворецкого Альфреда (верный старик, который растил его после смерти родителей) и гениального инженера Люциуса Фокса из компании Wayne Enterprises, Брюс собирает костюм, гаджеты и даже Бэтмобиль — крутую тачку, которая больше похожа на танк. Так рождается Бэтмен.
Первое, что он делает, — разбирается с мафией. Главный бандит в городе — Кармайн Фалконе, который держит всех в кулаке. Бэтмен нападает на его склад, лупит всех и сдаёт Фалконе копам. Но это только начало. В Готэме появляется новый псих — доктор Джонатан Крейн, он же Пугало. Этот тип работает в психушке Аркхэм и изобрёл токсин страха, который заставляет людей видеть свои худшие кошмары. Оказывается, он сотрудничает с Ра’с аль Гулом, который выжил и теперь хочет распылить этот токсин по всему городу через водопровод, чтобы Готэм сошёл с ума и сам себя уничтожил.
Брюс, уже как Бэтмен, начинает расследование. Он сражается с Пугалом, попадает под токсин, но Альфред и Фокс спасают его, создав антидот. Тем временем Рэйчел тоже в деле — она копает под мафию и Крейна, но её чуть не убивают. Бэтмен спасает её, и между ними снова что-то намечается, хотя он пока не раскрывает, кто он под маской.
Финал — полный хаос. Ра’с и его Лига Теней активируют план: выпускают всех психов из Аркхэма и начинают распылять токсин с помощью поезда. Бэтмен бросается в погоню, сражается с Ра’с аль Гулом прямо на этом поезде. В итоге он побеждает, но не убивает — просто оставляет Ра’са в поезде, который врезается и взрывается. Готэм спасён, хотя разрухи хватает.
В конце Брюс возвращается к обычной жизни, но понимает, что Бэтмен теперь его судьба. Рэйчел говорит, что любит его, но пока он Бэтмен, они не могут быть вместе. А ещё коп Гордон, который помогал Бэтмену, показывает ему карту Джокера — намёк, что новые враги уже на горизонте. Брюс кивает и смотрит на город с крыши, готовый к новым приключениям.
