В начале фильма «Мортал Комбат 2» показывают далёкое прошлое. Правитель по имени Шао Кан приходит в мир Эдения со своей огромной армией. Там правит добрый король Джеррод. Но Шао Кан не собирается договариваться. Он вызывает короля на смертельный бой и убивает его прямо на глазах жителей. После этого Эдения оказывается захвачена. Жена погибшего короля, королева Синдел, становится пленницей Шао Кана. Маленькую Китану он тоже забирает к себе и растит как собственную дочь. Так начинается история большого зла, которое потом доберётся и до Земли.
Проходят годы. Скоро должен начаться десятый турнир «Смертельная битва». Победа в нём решит судьбу миров. Шао Кан хочет стать бессмертным и окончательно подчинить себе всё вокруг. Для этого он приказывает колдуну Куан Чи вернуть к жизни нескольких погибших бойцов. Тот оживляет Кунг Лао и Кано. Но если Кунг Лао удаётся превратить в послушного слугу, то с Кано всё сложнее. Он всегда был жадным и хитрым негодяем, поэтому полностью управлять им невозможно.
Тем временем в Земном мире бог грома Райдэн собирает команду защитников. В неё уже входят Лю Кан, Соня Блейд, Джакс и Коул Янг. Им нужен ещё один боец, поэтому они находят актёра Джонни Кейджа. Когда-то он был знаменитостью, но теперь его карьера почти разрушена. Райдэн объясняет, что миру грозит гибель и нужна его помощь. Но Джонни сначала отказывается. Он считает всё это безумием и думает только о себе.
Турнир начинается очень быстро и без долгих разговоров. Первый бой достаётся Соне. Ей приходится сражаться с Синдел, которую Шао Кан превратил в жестокую и злую воительницу. Бой получается страшным и тяжёлым. Соня понимает, что перед ней не просто враг, а женщина, у которой когда-то отняли жизнь и свободу. Но выбора нет. В конце концов Соня побеждает и убивает Синдел.
Одновременно Джонни против своей воли переносится на арену к Китане. Он явно уступает ей в мастерстве. Китана легко его побеждает, но в последний момент не добивает. Шао Кан приходит в ярость, потому что приказ был только один — убивать. Позже Китана тайно рассказывает Джонни, что давно помогает Райдену и ненавидит Шао Кана. Она хочет освободить Эдению. Но их разговор слышит Джейд — телохранительница Китаны. Она считает, что Китана предала свой мир.
Пока идут бои, Куан Чи занимается куда более опасными делами. Он забирает у Кано древний амулет Шиннока. После этого Куан Чи вместе с оживлённым Кунг Лао нападает на Райдэна. Они вытягивают из бога почти всю его силу и связывают её с амулетом. Затем этот амулет передают Шао Кану. Теперь тот становится практически бессмертным. Райдэн остаётся жив, но настолько ослаблен, что почти не может двигаться.
Начинается второй круг турнира. Лю Кан выходит против Кунг Лао. Ему тяжело драться со старым другом. Во время боя Лю Кан пытается достучаться до него и напомнить, кем тот был раньше. На мгновение кажется, что Кунг Лао начинает вспоминать прошлую жизнь. Но власть Куан Чи оказывается слишком сильной. В итоге Лю Кан вынужден убить друга, иначе погиб бы сам.
Джакс в это время сражается с Джейд. Бой получается очень жестоким, но Джакс всё же побеждает. Однако вместо убийства он отпускает её. Он вспоминает, что Китана когда-то пощадила Джонни, и решает ответить тем же.
Самым страшным становится бой Коула Янга против Шао Кана. Коул дерётся изо всех сил и даже наносит врагу смертельную рану. Кажется, будто победа уже близко. Но амулет начинает светиться, и тело Шао Кана мгновенно восстанавливается. После этого правитель Внешнего мира безжалостно убивает Коула прямо на глазах остальных.
Герои понимают, что пока существует амулет, победить невозможно. Тогда Лю Кан, Соня, Джакс и Джонни отправляются искать помощь у таркатанов — жестокого народа чудовищных воинов. Их предводителем оказывается Барака. Чтобы заслужить уважение таркатанов, Джонни должен победить Бараку в честном поединке. Многие уверены, что у него нет шансов. Но Джонни неожиданно проявляет смелость и хитрость. После тяжёлой драки он всё-таки побеждает. Барака признаёт силу Джонни и соглашается помочь. Он показывает героям тайный проход под дворцом Шао Кана.
В это время Китану ловят. Джейд сдаёт её Шао Кану. Китану привязывают на городской площади как предательницу, чтобы все видели наказание.
Герои проникают во дворец и пытаются украсть амулет. Но всё идёт не по плану. Шао Кан встречает их лично. Во время сражения Джакс погибает, защищая друзей. Лю Кана и Соню хватают стражники. Джонни удаётся скрыться.
Тогда происходит неожиданное. Кано решает предать Шао Кана. Он признаётся Джонни, что ему больше нравится Земля. Там красивее, веселее и жить приятнее. Кано рассказывает, что амулет сейчас находится у Би Хана — воскрешённого воина из Нижнего мира. Ослабевший Райдэн собирает последние силы и отправляет Джонни вместе с Кано в мир мёртвых, чтобы уничтожить амулет.
Тем временем начинается финальный бой турнира. Лю Кан выходит против Шао Кана. Он понимает, что это его судьба. Сражение длится долго. Лю Кан вкладывает в удары всю силу и ярость. Но бессмертный противник оказывается сильнее. Шао Кан смертельно ранит Лю Кана. Перед смертью тот неожиданно понимает важную вещь: он вовсе не избранный спаситель, как все думали раньше. После этих слов тело Лю Кана превращается в огонь и исчезает. Он обещает, что однажды вернётся за павшими товарищами.
Соня тем временем освобождает Китану, но сама почти сразу получает тяжёлый удар и теряет сознание. Шао Кан объявляет себя победителем турнира и думает, что теперь Земной мир принадлежит ему.
Но именно в этот момент Китана окончательно отказывается считать Шао Кана своим отцом. Она открыто переходит на сторону Земли и становится новым защитником людей. Китана вызывает Шао Кана на бой.
Пока она сражается с тираном, Джонни и Кано вместе с духом Ханзо Хасаси и Джейд пробираются к Би Хану. Начинается ещё одна битва. Би Хан охраняет амулет любой ценой. Во время боя Джонни наконец раскрывает свои скрытые силы. Он начинает двигаться намного быстрее и наносить мощные удары зелёной энергией. Вместе герои уничтожают амулет.
Как только амулет разрушается, Шао Кан теряет бессмертие. Его тело начинает слабеть. Китана снимает с него маску, и впервые все видят не великого завоевателя, а старого измученного человека, который всю жизнь прятался за страхом и жестокостью. После короткой схватки Китана убивает его.
Со смертью Шао Кана Эдения освобождается. Китана становится новой королевой своего мира.
В финале колдун Шан Цзун пытается воспользоваться слабостью Райдэна и убить его. Но уничтожение амулета возвращает богу прежнюю силу. Райдэн легко отражает нападение.
Через некоторое время оставшиеся герои собираются вместе. Джонни, Соня, Райдэн, Китана, Джейд, Кано и Барака готовятся использовать пленённого Куан Чи, чтобы вернуть к жизни погибших друзей. Фильм заканчивается намёком на то, что война ещё не окончена и впереди их ждут новые битвы.
